Nuklear Malaysia telah ditubuhkan pada 19 September 1972, ketika itu ia dikenali sebagai Pusat Penyelidikan dan Aplikasi Tenaga Nuklear (CRANE), dan kemudian dinamakan semula sebagai Pusat Penyelidikan Atom Tun Ismail (PUSPATI).

Pada Jun 1983, PUSPATI diletakkan di bawah Jabatan Perdana Menteri dan dikenali sebagai Unit Tenaga Nuklear (UTN). Ia dipindahkan ke Kementerian Sains, Teknologi dan Alam Sekitar pada Oktober 1990 dan pada 10 Ogos 1994 dikenali sebagai Institut Penyelidikan Teknologi Nuklear Malaysia (MINT).

Pada 28 September 2006, MINT sekali lagi diberi identiti baru sebagai Agensi Nuklear Malaysia (Nuklear Malaysia). Terletak pada kedudukan strategik merangkumi pusat pengajian tinggi, kolej dan institut latihan kebangsaan, di samping berhampiran dengan pusat pentadbiran negara, Putrajaya dan pusat koridoraya multimedia, Cyberjaya, Nuklear Malaysia semakin gah melaksanakan aspirasinya.